1949年随着中华人民共和国的成立，党中央领导将工作重心放在了恢复国民经济！
经过三年建设后，国民经济状况有了根本好转，恢复国民经济的艰巨任务基本完成。在这样的背景下，国务院开始编制开展大规模经济建设的第一个五年计划。
在编制过程中，周总理所领导的小组遇到一个难题，那就是地质勘探资料的严重缺乏！因为想要发展经济，难免会需要用到石油、矿场等，如果没有一个详细的勘察资料，如何制定切合实际的经济发展计划呢？
为此周总理便找到毛主席，经过商讨后决定成立地质部，周总理提议何长工同志调往地质部工作，理由是在他身上有一股开创劲！毛主席对于何长工也非常了解，便同意了周总理的提议！
不久后，组织上便派人找何长工同志谈话，得知自己要调动工作后，何长工同志内心是有些诧异的。主要原因有两点：
第一，自己的身体不好，有条腿有伤，搞地质工作免不了要爬山涉水；第二，自己没有相关的地质专业知识，可谓是隔行如隔山。
何长工同志说出自己的理由后，对方也说道：“你就不要推辞了，你的这次工作调动是周总理钦点的！地质部由李四光担任部长，陈云副总理负责主管……”
何长工同志听后点了点头，便答应了下来。在来到地质部后，何长工也是配合李四光部长展开各种工作，在这个过程中自然是遇到了不少难题，但负责主管地质工作的副总理陈云是大力支持的，他曾对何长工说道：
有什么困难就提，毛主席和周总理都说了，只要资源能够保证建设需要，你要什么给什么。
正是有陈云同志的表态，何长工也大胆地去工作，没有什么后顾之忧。
何长工提出，地质部成立初期首先要重点抓这三个方面的工作：一抓干部，二抓装备，三抓科学研究！围绕何长工同志所提出的这三个方面，地质部也是投入了极大的资源和精力去办。
李四光和何长工的想法是大力抓学校建设，这样才能够源源不断出现专业技术人员和技术工作。在学校未组建起来时，何长工也带队创办了各种训练班，培训急需的地质人才。
1952年，全国高等学校进行院系调整时，李四光和何长工等同志也向党中央反映了自己的情况，经过党中央的批准后，确定建两所地质学院：北京地质学院和长春地质学院。
除去这两所学校外，其他不少高校也开始了地质相关的专业，数年过后就有近两千多名毕业生走上地质战线。
随着中国地质事业的大发展，需要一大批思想素质好、具有一定专业能力的领导干部。不过当时大多数领导干部都是从其他战线调过来的，对于地质方面的知识掌握的不是很多。
在这样的情况下，何长工便组织部机关的老干部们进入学校学习，系统地学习专业知识。大家对于新中国的发展建设，都想贡献自己的一份力，为此在学习中很是刻苦，全都慢慢成长为内行，大大加强了对地质工作管理、领导的能力。
在领导地质工作过程中，何长工也感觉到有专业的人才进行地质调查后，没有先进的机械仪器装备是不行的，工作效率太低了。
地质部的配套装备都是从苏联进口的，但这样并不是长久之计，最关键还是要自力更生。何长工将自己的想法与李四光部长说后，也是得到了对方的认可。
何长工找到地质部供应司的负责同志张彦文，向对方说道：
你这个供应司不能光管供应一般材料，而且还要做到两点，一是供应地质勘查的设别，二是供应生活用品。
张彦文听后也是点头答应了下来，不过想要完成何长工同志的指示，需要解决种种困难。不过对于这件事情的难度，何长工也是知道的，为此他向张彦文说道：“有什么困难，及时开口，我去解决！”
首先想要建设正规的机械厂，光凭地质部的人力物力是不够的，需要跟别的兄弟单位合作与沟通。张彦文尽管是供应司负责人，但是还是不够级别。
地质部最早决定办的装备制造厂是张家口探矿机械厂，这个厂是铁道部的一个重点工厂。为此，何长工便亲自找到吕正操同志，希望他能够支持地质部的工作。吕正操听完事情的来龙去脉后，也是非常支持：“行，以后这个厂子就交给你们地质部了！”
除此之外，地质工作需要印制地质图件和报告、文献。由于精确度的要求，一般印刷厂是无法承担这个重任的。何长工在得知这个消息，也是拜访自己的老战友们，看看哪里有合适的工厂。
在老战友的推荐下，何长工也进行了反复的考察，最终确定了一家位于天津的国有印刷厂。何长工也亲自上门与天津市委领导交谈，最终这个工厂被划归地质部，成为专门印制地质图件的专业厂。
正是在何长工以及全体工作人员的努力下，地质部至1966年总共办起直属工厂十一家，各省局也基本建起了以大修为主的探矿机械厂，基本形成了一个全国地质机械设备和仪器的修造网络。
随着干部和装备问题的解决，何长工同志便将目光放在了科学研究上。当然在这一点上，何长工无需费太多的心，毕竟李四光部长就是知名的地质学家。
在经过大家的探讨后，决定成立地质科学研究院，随后还建立了地质资料馆、地质博物馆与地质图书馆。地质部的种种措施，也是得到了党中央领导人的称赞和认可。
正是在这样的背景下，地质部的各项工作都走上了正轨，也完成了党中央所交予他们的重任。根据资料查询：
截止1958年底，地质部主持岩心钻探共钻进一万八千万米（不包括石油深钻），共探勘七十九种矿产。我国发展有色金属工业和尖端工业所需要的六十四种有色及稀有金属，除由二机部负责勘探的放射性元素及尚未探明储量的十三种矿产外，其余均已探明有一定储量。
何长工和李四光等同志，并没有为自己所取得的成绩而自满，反而依旧谦虚低调，将自己全部的精力都用于地质工作中。
如果说在“一五”期间内，如果说地质部是忙于建设队伍、培养干部，确保重点任务项目完成，那么从“二五”计划期间起，地质部便将自己工作的重点转移到建立自己的科研队伍及机构了。
因为用何长工同志的话来说：
如果不加强地质科学研究，就不可能从大量地质观测所得的资料中，总结出规律性东西；也不可能把其他学科新的成就，综合到地质工作中去，从而转化为生产力。
不得不说，何长工的大局观是非常出色的。
对于地质部的工作，毛主席是非常重视和关注的，也会常常找何长工同志谈话。某次，何长工向毛主席汇报了地质部的工作情况以及未来规划后，毛主席笑着说道：“有成绩，很高兴。有朝气，发展的很快。”
何长工作为地质部副部长、党组书记，他不是高高在上的，反而非常关心基层人员的情况！
地质部初创时期，大量工作人员需要出野外，工作特性，使得大家需要再各地流动工作。这就产生了许多问题，比如说子女教育、家庭问题、婚姻问题等等。
何长工得知这个消息后，也是多次组织召开会议，看看如何解决这些问题。在何长工同志看来，地质工作是辛苦的，如果连这些问题都不解决的话，那么地质工作者就会寒心，直接关系到地质队伍的稳定。
为能够解决的这些问题，何长工也是找李富春、周总理等同志商量解决。对于地质部所面临的问题，大家都是非常理解的，在毛主席和周总理的指示下，各部门都给予支持从而使得这些问题得到妥善解决。
正当何长工同志沉浸于地质工作中时，令他没有想到的是，随着时局的发展变化，他也身处逆境中。不过在那时候，周总理和李富春等国务院领导常常打电话来了解他的情况，支持他的工作！
不过随着局势的发展，何长工也离开了工作岗位，被调往地方工作。后来还是在周总理的关照下，何长工重新回到了北京，住院接受治疗。在此期间内，发生了一系列重大的事情，比如陈毅元帅、陈正人和曾山等老同志因病逝世。
对于陈毅元帅，何长工是敬佩的，但在种种原因的影响下，他未能参加追悼会，只好坐在家里默默哀悼。
1973年4月下旬，地质部派人找何长工谈话，传达了毛主席的指示：
何长工的历史我是清楚的，中央也是了解的，他没有历史问题！
何长工听后内心也是非常高兴，为便提出了自己的请求，为自己的历史问题作个结论，但是在一些人的别有用心下，何长工的“问题”迟迟未得到解决。
在家的日子里，何长工也没有闲下来，他一方面阅读书籍，锻炼身体，另一方面则了解时局情况，和老同志们交换看法，心态是乐观的。
1975年4月，何长工给党中央领导同志写信，汇报了自己的情况。党中央领导在收到何长工同志的来信后，了解了他的想法，为此批示道：应予立即解放！
不过相关单位给何长工同志所作的政治结论中，依旧存在问题，为此何长工从5月到8月的三个时间中，他不断向党中央和国务院领导同志写信反映。
党中央一位领导得知后，也是说道：“何长工是我们党内的一名老同志，他的历史中央都了解，现在他还在为政治结论而奔波，根本不需要再作什么政治结论嘛！”
何长工得知这个消息后，内心自然是非常感动的。
8月，在国务院召集的地质总局的一次汇报会上，主持会议的李先念询问道：“何长工同志来了没有？”
负责同志则回答道：“何长工同志因为未作政治结论，所以未被允许参加这场会议！”
李先念听后生气反驳道：“何长工同志在地质工作中是有功劳的。”
不久后，党中央也派人找何长工同志谈话，了解他的想法准备给他安排工作。何长工考虑到自己身体的缘故，无法再担任第一线繁重的工作。而他在过往的革命岁月中，曾长时间从事军队院校工作，如果可以的，他想恢复老本行。
党中央了解何长工同志的想法后，经过毛主席批准，何长工被任命为中国人民解放军军政大学副校长。
担任校长的萧克、政委唐亮等都来到何长工家中看望他，欢迎他到军大工作。何长工在重新走上工作岗位后，也是将全部的精力都投入其中，想要为国家的发展贡献自己最后一份力！
在何长工同志晚年时，他从来不留恋自己手中的权力，在1985年时他响应党中央的号召，向党中央提交了请退报告。
最开始的时候，党中央并没有批准，不过在何长工同志的坚持下，最终党中央还是批准了他的请求。事后，何长工表达了自己的心情：
尽管我现在不担任任何职务了，但是我的内心是高兴的。我的眼睛看不清了，但在党代会上我能感到，我们国家的事业越办越好，我们的事业越来越有希望。
1987年12月29日，何长工同志因病逝世，享年八十八岁！
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